Trường Đại học Bách Khoa đã nhận được Huân chương Lao động hạng Nhất (1998), Huân chương Độc lập hạng Ba (2002), danh hiệu Anh hùng Lao động thời kỳ đổi mới (2005), Huân chương Độc lập hạng Nhì (2007) và Huân chương Độc lập hạng Nhất (2012) cùng với nhiều bằng khen của Thủ tướng Chính phủ và các Bộ, ban ngành, đoàn thể.

Đạt nhiều giải thưởng trong và ngoài nước. Trong 10 năm gần đây đã đạt 208 giải Olympic trong đó có 31 giải nhất, 29 giải nhì, 72 giải ba. Đặc biệt sinh viên trường Đại học Bách khoa đã ba lần đạt chức vô địch Robocon châu Á - Thái Bình Dương năm 2002 (Nhật Bản, năm đầu tiên tổ chức), 2004 (Hàn Quốc) và 2006 (Malaysia).[29]

Năm 2014, trường đạt tiêu chuẩn kiểm định ABET ở 2 ngành Khoa học máy tính và Kỹ thuật Máy tính. Trở thành trường đầu tiên và duy nhất ở Việt Nam đạt chuẩn kiểm định ABET.

Năm 2017, trường đạt tiêu chuẩn AUN-QA do Mạng lưới các trường đại học Đông Nam Á (AUN) đánh giá. Bộ tiêu chuẩn đánh giá cấp trường của AUN-QA được các chuyên gia hàng đầu trong ASEAN xây dựng gồm 25 tiêu chuẩn, 111 tiêu chí, bao quát tất cả các lĩnh vực của một trường đại học như quản lý chiến lược, hệ thống, chức năng và kết quả hoạt động. Bộ tiêu chuẩn này tương thích với bộ tiêu chuẩn của Hoa Kỳ và châu Âu. Đây là trường đại học thành viên đầu tiên của Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh và là trường thứ hai trong cả nước được đánh giá ngoài theo tiêu chuẩn AUN-QA, trường thứ tư được đánh giá trong toàn khu vực Đông Nam Á.[30]

Ngoài ra, trường là đơn vị có số lượng chương trình đạt chuẩn kiểm định quốc tế nhiều nhất trên phạm vi toàn quốc với 23 chương trình đạt chuẩn quốc tế (HCERES, ABET, CTI, FIBAA, ...)[31].